Рифовая манта регулирует равновесие кораллового рифа. Фильтруя зоопланктон в больших объемах, скат сдерживает численность микроскопических ракообразных, мизид и личинок донных беспозвоночных. Пропуская через себя кубометры планктонной массы, манты поддерживают чистоту тропических вод, что жизненно необходимо для глубокого проникновения солнечного света к фотосинтезирующим водорослям рифовых кораллов.
Важная функция вида — служить источником биогенных элементов и переносить азот и фосфор между открытым океаном и рифом. Питаясь в глубоких каналах и в открытом океане, манты регулярно возвращаются для отдыха и очистки в лагуны атоллов. Продукты их метаболизма содержат легкорастворимые соединения азота, фосфора и железа. В чистой, но лишенной минералов воде этот концентрированный питательный душ служит незаменимым удобрением для молодых полипов, стимулируя образование карбонатного скелета кораллов.
Уничтожение популяции мант ведет к системной деградации кораллового рифа. Без постоянного притока азота и фосфора, доставляемых скатами из открытого океана, кораллы начинают испытывать минеральное голодание. Одновременно неконтролируемое размножение зоопланктона замутняет воду, лишая симбиотические водоросли полипов необходимого солнечного света. Ослабленные колонии зарастают нитчатыми водорослями и становятся уязвимыми перед хищными морскими звездами вроде тернового венца. В результате риф перестает нарастать вверх и защищать острова от разрушительной силы волн, что может спровоцировать береговую эрозию атоллов.
По оценкам природоохранных организаций, одна манта за 40 лет жизни приносит около миллиона долларов совокупного дохода за счет экскурсий, дайв-туров и туризма. В то же время браконьерское убийство манты ради нескольких жаберных пластин дает копеечную выручку, подтверждая правильность политики долгосрочной охраны мант.