Морфология гигантской океанической манты отражает специализацию пластиножаберных к пелагическому парению. Размах грудного диска половозрелых самок составляет 4.8–6.2 м, а предельные зафиксированные лазерной фотограмметрией экземпляры достигают 7.0–7.2 м при массе 2 000–2 400 кг. Отношение длины диска к ширине равно 1:2.2, что создает высокое гидродинамическое удлинение крыла. Хрящевой скелет покрыт прочным минерализованным хрящом, а грудной пояс укреплен сплошной хрящевой трубкой (synarcual). Верх диска антрацитово-черный с белыми треугольными «эполетами», образующими четкий Т-образный шеврон.
Передний край головы несет 2 головные лопасти длиной около 1 м, развившиеся из лучей грудных плавников. При спокойном плавании лопасти сворачиваются в обтекаемые конусы, а при кормлении расправляются в воронку для планктона. Рот расположен терминально на переднем крае головы, достигая 1.2 м в ширину. Верхняя челюсть беззубая, на нижней расположена лента из 3 000–4 000 мелких зубов для захвата самки самцом при спаривании. Глаза защищены склеральным хрящом и снабжены зеркальным слоем для ночного зрения. Ампулы Лоренцини улавливают электрические поля напряженностью менее 5 нВ/см.
Хлыстовидный хвост лишен плавника, но позади спинного плавника сохраняется минерализованный рудимент хвостового шипа длиной 15–35 мм. Мозг массой до 214 г защищен хрящевым черепом (хондрокраниумом). Сосудистая сеть cranial rete mirabile работает как противоточный теплообменник: артериолы и венулы передают мышечное тепло к нервной ткани и глазам. Это держит температуру мозга на 3.5–5°C выше внешней среды, поэтому скат ныряет в холодные глубины на 1 400 м без замедления нервных реакций.
Плакоидная чешуя с микрогребешками высотой 15–25 мкм снижает сопротивление воды на 8–10%. Поверх чешуи бокаловидные клетки выделяют гидрофильную слизь из сульфатированных мукополисахаридов, лизоцима и антимикробных пептидов (AMP), поддерживающую полезную микрофлору. Прикосновение человека стирает слизь и повреждает базальную мембрану. Оголенный эпителий атакуют патогенные морские бактерии (Aeromonas hydrophila и др.), вызывая язвенный некроз кожи и заражение крови.
От рифовой манты вид отличается огромными размерами, Т-образным шевроном, черным кантом рта и рудиментарным шипом. На брюшке пятна сосредоточены строго между 5 парами жаберных щелей, а область ниже жабр остается чисто белой.